事件の概要
Ｘ（原告・控訴人・上告人）は，発明の名称を「ナイフの加工装置」とする特許権（以下，この特許権を「本件特許権」という。また、特許番号第２１３９９２７号の特許を「本件特許」という。）の特許権者である。
Ｙ１（被告・被控訴人・被上告人） は，自動刃曲加工シス１ テム（以下「本件製品」という。）を製造，販売し，Ｙ２（被告・被控訴人・被上告人）は，これをＹ１から購入して販売している。
Ｘは，本件特許権に基づき，Ｙ１らに対し，本件製品の製造，販売の差止め及び損害賠償を求める本件訴訟を提起した。
Ｘは，当初，本件製品は願書に添付した明細書（以下「本件明細書」という。）の特許請求の範囲の請求項１（以下「請求項１」という。）に係る発明（以下「第１発明」という。）の技術的範囲に属する旨主張していたが，第１発明についての特許を無効とする旨の審決がされたため、Ｘは，本件製品は本件明細書の特許請求の範囲の請求項５（以下「請求項５」という。）のうち請求項１を引用する部分に係る発明（以下「第５発明」という。）の技術的範囲にも属する旨を追加的に主張した。
Ｙ１らは，上記主張は時機に後れた攻撃防御方法として却下されるべきである旨主張するとともに，第５発明に係る特許についても明らかな無効理由がある旨主張した。
第１審は，本件製品が第１発明及び第５発明の技術的範囲に属するか否かについて判断することなく，第１発明に係る特許及び第５発明に係る特許には特許法１２３条１項１号（ただし，平成５年法律第２６号による改正前のもの。以下同じ。）の無効理由が存在することが明らかであり，本件特許権に基づく差止め及び損害賠償の請求は権利の濫用に当たり許されない（最高裁平成１０年（オ）第３６４号同１２年４月１１日第三小法廷判決・民集５４巻４号１３６８頁参照）として，Ｘの請求をいずれも棄却する旨の判決を言い渡した。
Ｘは，第１審判決に対して控訴をした上，審判請求書により，請求項５について，特許請求の範囲の減縮を目的とする訂正審判請求をした（訂正２００５－３９０１１号事件）。
Ｙ１らは，第１発明に係る特許及び第５発明に係る特許には明らかな無効理由が存在する旨主張したが，裁判所法等の一部を改正する法律（平成１６年法律第１２０号）が施行され，特許法１０４条の３の規定が本件に適用されるようになったことに伴い，Ｙ１らの上記主張は，同条１項の規定に基づく主張として取り扱われた。
Ｘは，上記訂正審判請求（訂正２００５－３９０１１号事件）を取り下げ，同日付け審判請求書により，請求項５について，再度，訂正審判請求をした（訂正２００５－３９０６１号事件）。
また、Ｘは，第１発明についての特許に係る無効審決が確定したことから，本件製品が第１発明の技術的範囲に属する旨の主張を撤回した。これにより，本件訴訟における審理の対象は，第５発明に係る特許のみということになった。
上記訂正２００５－３９０６１号事件について，審判官は，訂正審判請求は成り立たない旨の審決をした。Ｘは，同請求を取り下げた。
その後、控訴審は，口頭弁論を終結したところ，Ｘは，その後に審判請求書により，３度目の訂正審判請求をした（訂正２００６－３９０５７号事件）。
控訴審は，Ｘの控訴をいずれも棄却する旨の判決を言い渡した。判決では，本件製品が第５発明の技術的範囲に属するか否かについて判断することなく，第５発明に係る特許は，特許法２９条２項に違反してされたものであり，同法１２３条１項１号の無効理由が存在することが明らかであって，特許無効審判により無効にされるべきものと認められるから，ＸはＹ１らに対して本件特許権を行使できない（特許法１０４条の３第１項）旨判示した。
Ｘは，その後，上告及び上告受理の申立てをした。そして，訂正審判請求（訂正２００６－３９０５７号事件）を取り下げ，同日付け審判請求書により，４度目の訂正審判請求をした（訂正２００６－３９１０９号事件）。
Ｘは，再び，上記訂正審判請求（訂正２００６－３９１０９号事件）を取り下げ，同日付け審判請求書により，請求項５について，特許請求の範囲の減縮及び明りょうでない記載の釈明を目的として，５度目の訂正審判請求をした（訂正２００６－３９１１３号事件。以下「本件訂正審判請求」という。）。審判官は，審理の結果，本件明細書の訂正をすべき旨の審決をし，同審決はそのころ確定した（以下，この審決を「本件訂正審決」という。）。
Ｘは，本件の上告受理申立て理由書の提出期間内に本件訂正審決が確定し，請求項５に係る特許請求の範囲が減縮されたという本件の事実関係の下では，原判決の基礎となった行政処分が後の行政処分により変更されたものとして，民訴法３３８条１項８号に規定する再審事由があるといえるから，原判決には判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の違反がある（民訴法３２５条２項）と主張した。
判旨
原審は，本件訂正前の特許請求の範囲の記載に基づいて，第５発明に係る特許には特許法２９条２項違反の無効理由が存在する旨の判断をして，Ｙ１らの同法１０４条の３第１項の規定に基づく主張を認め，Ｘの請求を棄却したものであり，原判決においては，本件訂正後の特許請求の範囲を前提とする本件特許に係る無効理由の存否について具体的な検討がされているわけではない。そして，本件訂正審決が確定したことにより，本件特許は，当初から本件訂正後の特許請求の範囲により特許査定がされたものとみなされるところ（特許法１２８条），前記のとおり本件訂正は特許請求の範囲の減縮に当たるものであるから，これにより上記無効理由が解消されている可能性がないとはいえず，上記無効理由が解消されるとともに，本件訂正後の特許請求の範囲を前提として本件製品がその技術的範囲に属すると認められるときは，Ｘの請求を容れることができるものと考えられる。そうすると，本件については，民訴法３３８条１項８号所定の再審事由が存するものと解される余地があるというべきである。
しかしながら，仮に再審事由が存するとしても，以下に述べるとおり，本件においてＸが本件訂正審決が確定したことを理由に原審の判断を争うことは，ＸとＹ１らとの間の本件特許権の侵害に係る紛争の解決を不当に遅延させるものであり，特許法１０４条の３の規定の趣旨に照らして許されないものというべきである。
ア 特許法１０４条の３第１項の規定が，特許権の侵害に係る訴訟（以下「特許権侵害訴訟」という。）において，当該特許が特許無効審判により無効にされるべきものと認められることを特許権の行使を妨げる事由と定め，当該特許の無効をいう主張（以下「無効主張」という。）をするのに特許無効審判手続による無効審決の確定を待つことを要しないものとしているのは，特許権の侵害に係る紛争をできる限り特許権侵害訴訟の手続内で解決すること，しかも迅速に解決することを図ったものと解される。そして，同条２項の規定が，同条１項の規定による攻撃防御方法が審理を不当に遅延させることを目的として提出されたものと認められるときは，裁判所はこれを却下することができるとしているのは，無効主張について審理，判断することによって訴訟遅延が生ずることを防ぐためであると解される。このような同条２項の規定の趣旨に照らすと，無効主張のみならず，無効主張を否定し，又は覆す主張（以下「対抗主張」という。）も却下の対象となり，特許請求の範囲の減縮を目的とする訂正を理由とする無効主張に対する対抗主張も，審理を不当に遅延させることを目的として提出されたものと認められれば，却下されることになるというべきである。
イ そして，事実関係の概要等によると，①Ｙ１らは，既に第１審において，第５発明に係る特許について無効主張をしており，第１審判決は，特許法に同法１０４条の３の規定を新設した平成１６年法律第１２０号の施行前であったが，前掲最高裁平成１２年４月１１日第三小法廷判決に従い，上記無効主張を採用してＸの請求をいずれも棄却したこと，②Ｘは，第１審判決に対して控訴を提起し，その後に請求項５について特許請求の範囲の減縮を目的とする訂正審判請求をしたが，これを取り下げ，再度請求項５について訂正審判請求をしたこと，③上記再度の訂正審判請求については，同請求は成り立たない旨の審決がされ，Ｘは同請求を取り下げたこと，④そこで，原審は口頭弁論を終結したが，Ｘは３度目の訂正審判請求をしたこと，⑤原審はＸの控訴をいずれも棄却したが，その理由は，第１審判決と同じくＹ１らの上記無効主張を採用するものであったこと，⑥Ｘは，上告及び上告受理の申立てをしたが，その後３度目の訂正審判請求を取り下げて４度目の訂正審判請求をし，さらに４度目の訂正審判請求を取り下げて５度目の訂正審判請求をしたのが本件訂正審判請求であること，以上の事実が明らかである。
ウ そうすると，Ｘは，第１審においても，Ｙ１らの無効主張に対して対抗主張を提出することができたのであり，上記特許法１０４条の３の規定の趣旨に照らすと，少なくとも第１審判決によって上記無効主張が採用された後の原審の審理においては，特許請求の範囲の減縮を目的とする訂正を理由とするものを含めて早期に対抗主張を提出すべきであったと解される。そして，本件訂正審決の内容やＸが１年以上に及ぶ原審の審理期間中に２度にわたって訂正審判請求とその取下げを繰り返したことにかんがみると，Ｘが本件訂正審判請求に係る対抗主張を原審の口頭弁論終結前に提出しなかったことを正当化する理由は何ら見いだすことができない。したがって，Ｘが本件訂正審決が確定したことを理由に原審の判断を争うことは，原審の審理中にそれも早期に提出すべきであった対抗主張を原判決言渡し後に提出するに等しく，ＸとＹ１らとの間の本件特許権の侵害に係る紛争の解決を不当に遅延させるものといわざるを得ず，上記特許法１０４条の３の規定の趣旨に照らしてこれを許すことはできない。